Bölümün temel amacı konusunda donanımlı, bitki koruma sorunları konusunda eğitim ve araştırmalarıyla üreticilere ve tarım sektörünün sorunlarına ekolojik denge, insan ve çevre sağlığını gözeterek çözümler sunabilen, yeni bilimsel açılımlara öncülük edebilen, bitki hastalık ve zararlılarına karşı entegre ve güncel mücadele yöntemlerini yaşama geçirebilen, analitik düşünme ve sorgulama yeteneğine ve meslek etiği bilincine sahip nitelikli Ziraat Mühendisleri yetiştirmektir. Bölüm dünyada, ülkemizde ve özellikle Batı Karadeniz Bölgesinde bitkisel üretimi ekonomik ölçüde olumsuz etkileyen fungal, bakteriyal, viral hastalık etmenleri, yabancı otlar ve zararlıların (böcekler, nematodlar, akarlar) neden oldukları sorunların tespiti ve ekonomik ölçütlerde çözümüne katkı sunma; bitki koruma sorunlarının çözümüne yönelik ulusal ve uluslararası projeler geliştirerek bilimsel çözümler sunma; araştırmalardan elde edilecek verileri değerlendirerek bilimsel makale, kitap ve bildirilerle proje sonuçlarının yaygın etkilerini artırma ve bilimsel gelişmelere katkı sunma misyonuna sahiptir.